The Borgias começa com a família de Rodrigo Borgia colocando seu plano para que ele assuma o papado em ação: assim que começam as eleiões para o novo papa, os Borgias começam a comprar os votos necessários para tornar Rodrigo o primeiro papa espanhol - e esse é só o começo da história da família que inspirou Mario Puzo na criação dos Corleone de Poderoso Chefão. Logo que alcança o poder, Rodrigo Borgia começa a mexer suas peças no tabuleiro para garantir sua permanência no post: e suas principais peças são seus filhos. Cesare Borgia - figura história que inspirou Maquiavel a escrever O Princípe - torna-se cardeal, porém inveja seu irmão mais novo, Juan, que assume o cargo de capitão das tropas papais. Aumentando ainda mais a animosidade entre Cesare e os desígnios de seu pai, Rodrigo decide casar Lucrezia, sua filha mais nova de quem Cesare é muito próximo e que deseja proteger das ambições de seu pai. Ao longo da temporada observamos os conflitos familiares e, ao mesmo tempo, os conflitos entre Rodrigo e os cardeais da Igreja que desejam retirá-lo de seu cargo. Em uma época que ser papa confere mais poder do que ser Rei de alguns países, Rodrigo Borgia mostra-se um homem ambicioso e responsável por um dos papados mais corruptos de que se tem notícia até hoje - o que levou Mario Puzo a creditá-los como a primeira família mafiosa da História.
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